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 â—Ź Extraction bibliographiques Ingenuity et Pathway studio



Il s’agit d’un traitement bio-informatique post-identification permettant de transformer une liste linĂ©aire de protĂ©ines identifiĂ©es en sous-ensembles classĂ©s par fonctions et par interactions. Le tout s’appuie sur des donnĂ©es bibliographiques (rapportant les interactions connues) pour permettre une vision relationnelle des protĂ©ines identifiĂ©es (rĂ©seaux).

En plus d’apporter une vision d’ensemble plus synthĂ©tique, cette organisation des rĂ©sultats est susceptible d’orienter des pistes de recherche vers des protĂ©ines proposĂ©es par le rĂ©seau d’interaction. Ces protĂ©ines non dĂ©tectĂ©es en MS pourraient rĂ©vĂ©ler leur prĂ©sence par Western-blot.



Concrètement, lorsqu’une liste de protĂ©ines identifiĂ©es (liste simple ou Ă©tude comparative) vous a Ă©tĂ© remise, il vous est possible d’avoir un rĂ©sumĂ© rapide des interactions pouvant exister entre ces protĂ©ines ou les gènes dont elles sont issues. Ce rĂ©sumĂ© consiste en un bilan des donnĂ©es dĂ©crites dans la littĂ©rature, donnĂ©es dont l’accès est parfois difficile du fait des diffĂ©rentes formes d’énoncĂ©.

La plate-forme vous propose de révéler rapidement ces relations intermoléculaires décrites dans la littérature grâce aux logiciels INGENUITY PATHWAY ANALYSIS et PATHWAY STUDIO pour lesquels la 3P5 souscrit un abonnement annuel.

Une classification des protéines selon leur fonction (exemple ici) et une représentation graphique de chacune des classes définies peuvent vous être fournies dans un bref délai. Un exemple est décrit ci dessous.

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Exemple Ingenuity

Une étude plus approfondie peut aussi être menée avec votre collaboration afin de pouvoir mettre en évidence des possibilités d’interactions non décrites dans la littérature.

Contact : Morgane Le GALL (01.40.51.64.35)


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