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 ● Analyse protéomique quantitative différentielle et absolue



Plusieurs méthodes d’analyse protéomique quantitative différentielle sont disponibles sur 3P5 : 2D-DIGE Label-Free, ITRAQ, SILAC->, notamment. Deux exemples d’articles reprennent ces techniques, nous avons rédigé un "focus" sur leurs avantages respectifs pour le label-free ou le SILAC notamment. Ils sont disponible sur le site de l’institut Cochin.

La plateforme 3P5 propose des forfaits ITRAQ 4 ou 8 plex et Label-free comprenant la totalité de la prestation, réactifs, séparation des peptides, analyse par spectrométrie de masse et mise en forme des résultats. Les analyses statistiques poussées (ANOVA, clustering, ACP sont en option)

Pour les analyses SILAC nous fournissons les acides aminés (Lys 4, 6, 8 et Arg 6, 10) en aliquots de 50mg pour 250ml de milieu de culture afin d’éviter aux équipes de coûteux achats au gramme. La vérification du remplacement complet des acides aminés est un préalable et peut être faite très rapidement.

Nous vous encourageons, dans la mesure du possible, à utiliser le tampon de lyse suivant : 50mM Tris (pH8)+ 2% SDS pour amener à environ 0.5µg/µl en concentration minimum a contrôler sur SDS PAGE coloré au bleu de Coomassie.

Les protéines seront ensuite traitées selon le protocole adapté à la technique envisagée.

Contacter la plateforme ( proteomique-3p5@parisdescartes.fr ) pour plus de détails et dès la conception de votre plan expérimental pour éviter des choix inadaptés aux techniques de LC-MS.


Plate-Forme Protéomique Paris 5 (3P5) - Université René Descartes - Paris 5
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