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 ● Extraction bibliographiques Ingenuity et Pathway studio



Il s’agit d’un traitement bio-informatique post-identification permettant de transformer une liste linéaire de protéines identifiées en sous-ensembles classés par fonctions et par interactions. Le tout s’appuie sur des données bibliographiques (rapportant les interactions connues) pour permettre une vision relationnelle des protéines identifiées (réseaux).

En plus d’apporter une vision d’ensemble plus synthétique, cette organisation des résultats est susceptible d’orienter des pistes de recherche vers des protéines proposées par le réseau d’interaction. Ces protéines non détectées en MS pourraient révéler leur présence par Western-blot.



Concrètement, lorsqu’une liste de protéines identifiées (liste simple ou étude comparative) vous a été remise, il vous est possible d’avoir un résumé rapide des interactions pouvant exister entre ces protéines ou les gènes dont elles sont issues. Ce résumé consiste en un bilan des données décrites dans la littérature, données dont l’accès est parfois difficile du fait des différentes formes d’énoncé.

La plate-forme vous propose de révéler rapidement ces relations intermoléculaires décrites dans la littérature grâce aux logiciels INGENUITY PATHWAY ANALYSIS et PATHWAY STUDIO pour lesquels la 3P5 souscrit un abonnement annuel.

Une classification des protéines selon leur fonction (exemple ici) et une représentation graphique de chacune des classes définies peuvent vous être fournies dans un bref délai. Un exemple est décrit ci dessous.

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Exemple Ingenuity

Une étude plus approfondie peut aussi être menée avec votre collaboration afin de pouvoir mettre en évidence des possibilités d’interactions non décrites dans la littérature.

Contact : Morgane Le GALL (01.40.51.64.35)




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Date de modification : 2015-04-13 12:02:01





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